赵新先的这些言论其实是拿他的职业生命当了赌注。他大胆逼宫国资委，无非想达到两个目的。其一，国资委担负起出资人的职能，对三九注资50亿元。这样，银行逼债风波自然化解；其二，国资委同意三九进行股份制改造，那么他及团队就可以顺势成为三九的真正主人。这两个目的无论达成哪一个都是令人满意的。而他之所以敢于如此动作的原因是，三九自创办以来一直由他掌控，从人事、财务到产业没有第二人了然全盘，如今乱局如麻，除他之外何人敢接、谁人能解？然而，事态的发展并非如他所愿。
5月16日，国资委党委书记李毅中亲赴深圳，突然宣布免去赵新先三九企业集团总经理、党委书记职务。其公开的理由是，国资委管辖的干部60岁必须退休，而他已经63岁了，离职退休是正常的。李毅中同时给予了他很高的评价，称他“40年如一日，为我国的医药事业，为三九企业集团的发展做出了突出贡献”。他的经历再次证明，企业家是一个多么残酷的职业。
1995年，如日中天的赵新先作为特聘兼职教授，受邀参加清华大学经济管理学院的元旦座谈会。时任国务院副总理兼经济管理学院院长的朱镕基对他说：“你放心，即使南方药厂垮了，我还要请你当教授。为什么？因为你可以从这里总结经验，企业是怎么垮的。当然我不希望垮。”此言悠悠，竟藏无穷忧虑。
2004年10月，一直深受赵新先重用的三九集团副总裁、年仅43岁的陈重因病猝亡。在清理他的办公室时，发现数额巨大的不明存款。随后，审计署介入对三九的审计事宜。三九副总裁荣龙章、三九广州医院院长崔崇林、三九生化总经理张欣戎、三九汽车公司经理陈达成、三九工程公司总经理林长兴等相继被双规或通缉。种种迹象表明，这些三九重臣们的问题都与他有着千丝万缕的牵连。
根据后来的信息披露，赵新先涉嫌“转移资产”。香港特别行政区公司注册处提供的资料显示，三九在香港注册了50多家公司，其类别均为“私人公司”。他出任多家公司的董事长。在三九健康城等项目中，有数亿元资金不知去向。香港科技大学郎咸平教授在研究了三九的财务状况后，总结了他的“捞钱六招鲜”——截、借、垫、套、挪、赖。
除了资金上的违法行为外，《财经》杂志则另外给出了一种观察的结果。赵新先被突然宣布退休后，其继任者一直难以开展工作。一方面，三九的各项业务均出现崩塌迹象，用一地鸡毛来形容一点儿都不为过。号称投资数十亿元的健康城因土地审批问题胎死腹中，连锁药店项目难以为继，最后不得不以区区400万元的低廉价格转让。2005年5月，三九将其所持有的三九发展和三九生化的国有法人股，分别以3500万元和2.05亿元的价格出售给浙江、山西的两家民营企业，从这两家上市公司中彻底退出，所谓的“三九系”宣告瓦解。到秋季，有媒体报道，庞大的三九共有500多家企业，从总公司到分支公司共分五级管理，到第三级公司大多已出现鸟兽散的失控局面。另一方面，面对如此复杂、艰巨的重组工作，他的一些旧部仍占住“小山头”不放，相信他能再度复出。在此情形下，有关部门果断出手将他“拿下”。
无论如何，原本以为安全着陆的赵新先在退休两年多后再度成为焦点人物。