谁也没有料到，对铁本事件的后续处理，成了一件十分棘手的事情。
最开始的时候，外界认为，铁本项目这么轻易获得地方政府的支持，肯定又是一个官商结合的典型，但随着调查的深入，一直没有迹象显示这其中存在的腐败现象。除了钢铁，草根十足的戴国芳好像人情不通、政治不懂。
说铁本项目是低水平的重复建设，也很难立论。原冶金部部长、中国钢铁协会会长吴溪淳非常肯定地认为：“铁本不是低水平重复建设，铁本的问题不是技术问题。”曾多次考察过铁本项目的和君创业研究咨询公司董事长李肃告诉记者：“当年铁本项目从钢铁技术角度论证是‘国内最好的钢厂’，投入产出非常合理，就算其他钢厂出了问题，它都能赚钱。”在建龙项目得以复活的消息见报后，《经济观察报》记者采访钢铁规划研究院副院长李新创，请他谈谈对铁本事件的处理看法，这位参与起草全国钢铁产业政策的专家说：“当时怎样决定就怎么做，现在是要维护国家宏观调控政策的权威。”
2006年3月下旬，在被羁押两年之后，戴国芳案即将开庭审判，国内上百家媒体闻风而动。《商务周刊》记者钟加勇前往常州采访。
他先去了长江边的铁本工地。戴国芳被逮捕后，工地上的数千工人早已散了。为防止物资被盗，地方政府招聘了近50名保安轮流值班，当地的魏村派出所还专门派出了10名干警。记者绕着工地走了一圈，就足足花了2个多小时。他看到的景象是：工地上蒿草疯长，四处是锈迹斑斑的钢材、各种已经褪色的施工材料以及凌乱散落的各种设备，破旧的工棚空无一人，已现雏形的炼钢高炉和基本建成的发电站均被废弃。在过去的两年多时间里，施工现场没有采取任何保护措施，一切都任凭风吹雨打，所有设备有的已经贬值，有的已经直接变成废铁。按照当地政府监管组的计算，每月损失就达到6000多万元，简单地乘以两年时间，10多个亿已经没了。戴国芳投下去的数十亿元，就跟它在狱中的主人一样，已经被轻易地遗弃。
记者还专门去了位于武进区东安镇渎南村的戴家探访。在村口，他碰到戴国芳的继母刚刚从菜地浇菜回家，戴父终年无语，“已经完全不跟人说话了”。戴家是一个天井很宽的农家小院，东边是两间平顶房，西边则是堆放杂物的几间低矮瓦房。与邻居家相比，这无论如何都看不出是亿万富翁的老家。小院旁边，就是戴国芳“钢铁梦想”起步的地方——三友轧辊厂。此时也已是一派荒凉，满目萧条。据称，戴国芳的家产被查封时只有8万元钱，他的3个子女原本都在常州国际学校就读，出事后就都转到普通中学就读，生活费和学费都靠一些过去的朋友接济。
3月28日，铁本案在常州市中级法院开庭。最高人民法院、江苏省高级人民法院、江苏省人民检察院都派出代表旁听，铁本方面则由17位知名律师参与辩护，案卷多达290本。
然而，常州市人民检察院的公诉书却让在场的所有媒体都大吃一惊。戴国芳等人被控的罪名只有一条：虚开抵扣税款发票罪。检察院指控称，2001年至2003年3年间，铁本公司采取制作虚假的废钢铁屑过磅单、入库单，东安加工厂的收购码单等手段，通过李建华、季春梅，分别让武进物资再生有限公司、武进阳湖金属回收公司、常州拆船公司、常州金属回收再生资源有限公司、常州再生资源批发中心有限公司（均另案处理），为铁本虚开废钢、铁屑销售发票2373份，金额超过16亿元，抵扣税款1.6亿元。
在这份公诉书中，两年前铁齿铜牙般地认定铁本的“五宗罪”竟无一被指控。
对铁本虚开抵扣税款发票罪的指控，控辩双方也展开了激烈的辩论。检察院出示的最有力的指控证据便是戴国芳为了“花钱消灾”而上递的自查报告。
辩方律师认为，国内的废铁回收行业有一个很特殊的背景：2001年5月1日起，国家为鼓励资源的再生利用、变废为宝，对废旧物资回收行业实行免税政策，回收单位可办理税务登记手续，领取收购凭证和普通发票。根据《国家税务总局关于废旧物资回收经营业务有关税收问题的批复》：“鉴于此种经营方式是由目前废旧物资行业的经营特点决定的，且废旧物资经营单位在开具增值税专用发票时确实收取了同等金额的货款，并确有同等数量的货物销售，因此，废旧物资经营单位开具增值税专用发票的行为不违背有关税收规定，不应定性为虚开。”
这个法规性批复对废旧物资回收行业的规范化起到了积极的作用，不过由此开始，业内也出现了虚开收购凭证、虚做购进废旧物资以达到免税的现象。一位记者在报道中谈到：“这也能解释为什么全国各大钢厂门口都有这样的开票公司。”
铁本方面无法澄清自己没有这种行为。不过，戴国芳从经营角度否认了公诉人提出的数额，他认为铁本在2001—2003年期间总销售额只有29亿元，根本不可能虚开那么多废钢，否则“铁本不用铁矿砂也能炼出钢来”；同时，由于物资回收行业零散的收购点无法开发票的行业特殊原因，铁本需要集体开磅单，然后再找物资回收总公司开进项发票；按照有关规定，如果是向公司进废钢，可以抵扣17%或13%的增值税，铁本只抵扣了10%，实际上“反而是多缴税了”。
很显然，戴国芳陷入了一个始料未及的法律陷阱。他所面对的指控与两年前拘押他的理由完全不同，但却同样可能让他无法自清。一位资深传媒人士在评论中认为：“铁本被起诉的理由，是钢铁行业内几乎所有企业都在一定程度上‘遵守’的潜规则——虚假开出废钢发票以获得免税。在这一点上，假设铁本不遵循这个潜规则，铁本的成本就比同行高，而一旦铁本遵守所谓的行规，‘法虽不责众，但中国的问题是可以选择性责罚’。事实正是这样，铁本虽然不是潜规则的最大获益者，铁本的税负率在法庭上被证明比同行要高，但铁本却是最‘倒霉’的。”
北京大学教授周其仁在铁本案初审结果公布后，撰写了专栏文章：
读报的第一反应是，铁本案怎么就成了一桩税收官司？两年前震动全国的铁本案，直接起因是“违规建设大型钢铁联合项目”。当时由发改委等九部委对铁本作了专项检查，查明“这是一起典型的地方政府及有关部门严重失职违规，企业涉嫌违法犯罪的重大案件”。其中，当地政府涉及违规立项、违规批地，铁本公司则涉嫌“通过提供虚假财务报表骗取银行信用和贷款，挪用银行流动资金贷款”和“大量偷税漏税”，而“有关金融机构严重违反国家固定资产贷款审贷和现金管理规定”。随后，国家税务总局宣布：“认定江苏铁本公司等3家企业偷税2.94亿元。”以上信息，全部经新华社和中央电视台播发消息，国人皆知。现在，戴国芳等人被羁押两年之久以后，法庭公开审理的公诉罪名仅为“虚开发票，抵扣税款1.6亿元”——这么大的一个变化，说明了什么？我认为最可议之处，是人们——尤其是地方官员和民营企业家们——都知道这次铁本绝不是因为抵扣税款才“犯事”的，但是轮到“办”的时候，却以涉税案为罪名。政府真要抓税案吗？普遍抓就是了。为什么差不多家家钢厂都有的“开税票”行为，平时没有事，别人也没有事，偏偏到了2004年4月被发现上了一个大规模钢铁联合企业的铁本头上，就是关乎身家性命的大事？
周其仁教授在文中耐人寻味地说：“回头看历史，戴国芳要庆幸我们国家正在向着法治国家的方向走才对。”