于是，经过一番考虑，在1994年，潘宁决定另辟蹊径，将企业变身为科龙集团，宣布新创科龙品牌，进军空调行业。在他的谋划中，科龙品牌归企业所有，由此可逐渐摆脱政府的控制。但是，他的这种“独立倾向”立即引起了镇政府的注意。也就是从这时起，潘宁和企业的命运变得十分微妙起来。
1996年，科龙电器在香港联合交易所上市，融资12亿元，成为全国第一家在香港上市的乡镇企业。潘宁雄心万丈地四处攻城略地，先后在辽宁营口和四川成都建立了两个生产基地，这样可以大大降低物流运输的成本。一个尤为重要的决策是，他宣布将投资10亿元人民币在日本神户建立科龙的技术中心。当时的现状是，中国的电冰箱企业靠“价格割喉战”迅速击败了早先在中国市场上靠品牌优势而获得先机的跨国企业。但是潘宁知道，要稳固本土企业的市场战果，还必须拥有核心的技术开发能力。当时所有的国产家电企业，其实都还是一些装配工厂，其核心部件仍然需要从国外引进。全球电冰箱的核心技术都被日本东芝、三洋及松下等公司所掌控，所以将技术开发的前沿延伸到日本本土去，是一项成本很高却将有奇效的战略。在一次高层会议上，潘宁很激动地说：“如果不能在有生之年装出一台百分之百的中国电冰箱，我们这代电冰箱人愧对后人。”可惜的是，潘宁的这种“决战思维”在他退出后竟成绝响，以至于到10年后，中国电冰箱产业的核心技术空心化局面仍然没有得到根本改善。
1997年，科龙实现营业收入34亿元，利润6.6亿元，获香港《亚洲货币》杂志评选的“中国最佳管理公司”和“中国最佳投资者关系”殊荣，俨然是中国制冷业乃至家电业的希望之星。然而，也是从这时开始，地方政府对科龙的掌控变得直接起来。这家品牌显赫、效益绝佳的企业成了政府官员调控地方资源的一个最佳工具。1998年中期，为了延伸产业链，潘宁谋划在科龙空调项目上增大投资。当项目报到镇政府的时候，他却等到了一个十分意外的决定——政府希望科龙收购同镇的华宝空调。
华宝空调厂是国内第一家生产分体式空调的企业，在广东空调行业中第一个取得了ISO9001质量体系认证。1993年，华宝空调销售额达18亿元，产销量名列全国第一。11月底，在经营层毫不知晓的情况下，华宝的国有资产控股方顺德市投资控股总公司突然决定将60％的产权出售给香港翁氏家族控制的蚬壳公司。当时华宝的总资产达18亿元，而蚬壳公司的资产不足5亿港元，只用了1000万元的价格就获得了控制权。由于交易过于“秘密”，引起经营层的强烈反对。创办华宝的董事长当即辞职，其他高管也持强烈的抵触态度。企业经营陷入一片混乱局面。1994年11月，蚬壳公司以“空调市场不景气，宏观调控使销售款回收周期加长，空调生产竞争对手增多”为由主动放弃了股权。港方提出，他们已经在华宝连本带利投入资金14.2亿元，愿意承担1亿元的损失，而其他的款项则要顺德和华宝方面全数归还。顺德方面不但要付出10多亿元的赔偿金，还弄得华宝元气大伤，造成其市场份额被后起的珠海格力空调等抢去大半。因此，当潘宁提出新上空调项目的时候，便有人提出将华宝空调划归科龙，以此打造出一个“空调航母”。
在潘宁看来，与其改造一个结构落后的“老房子”，还不如在一片空地上盖一个“新房子”。而政府方面则当然希望他能够挑起这副“重担”。为此，市长承诺，并购后可以“拨给”科龙一个上市指标，允许它在深圳证券交易所上市。就这样，1998年10月，科龙和华宝宣布联合，成为当时国内家电行业规模最大的一次企业联合。
科龙、华宝合并看上去做成了一艘“大船”，但是实际上这两家企业从来就没有真正融为一体。仅从品牌经营而言，科龙决没有能力同时做好两个不同品性的空调品牌。因此，华宝之被弃是预料中的事情。而一个让人更感担忧的事情是，随着科龙规模的扩大，政府的控制变得越来越直接。