“下克上”一时蔚为风气。
本来军人当以服从命令为天职，擅自行动和越权作战为军纪所不容，但是“下克上”已经像一种愈演愈烈的流行病，使得日本军队像脱缰野马不受约束自行其是。寺内总司令向东京拍发电报进行控告，同时派人向海军提出抗议，更有年轻气盛的师团长派出坦克部队开往连云港向海军示威，但是一向傲慢无礼的海军哪里把陆军放在眼里。舰队司令一声令下，军舰上的远程大炮昂起黑洞洞的炮口，舰载飞机排出密集队形从天空呼啸而过，海军陆战队筑起工事严阵以待，一时间双方剑拔弩张互不相让，一场流血内讧眼看难以避免。
东京大本营紧急派出特使前往调解，调解结果是华北派遣军退回徐州，海军维持占领，“连云港危机”暂时得以化解。事实上东京的袒护立场最终成为妨碍日本帝国走向胜利的绊脚石，1942年美军进攻瓜达尔卡纳尔群岛，时任南方军总司令的寺内寿一请求海军运兵船支援，海军则以各种理由予以拒绝，加速瓜岛守军覆灭。
寺内总司令对大本营的偏袒态度深感愤慨，既然大本营无力约束海军，那么陆军为什么一定要成为“下克上”的受害者和牺牲品呢？历史表明，这个看似同中国战局无关的“连云港事件”却将对1938年的抗战进程产生深远影响，它的直接后果是刺激华北派遣军自行其是越权行动。尽管大本营命令“保持各自态势，暂不扩大战面”，但是野心勃勃的寺内总司令根本不打算服从命令，他的理由很简单，那就是东京绝不会惩罚打胜仗的将军。幕僚支持总司令的决心，他们说；占领支那（中国）是陆军的责任，所以怎么做都不过分吧。
徐州会战接近尾声，两大日本派遣军实现胜利会师，前来增援作战的华中派遣军陆续撤回南方战区，北方战场开始呈现短暂的平静局面，一道蓄谋已久的秘密命令被下达了。下达命令的是总司令本人，他对参谋长口授电文道：致电土肥原贤二将军，华北派遣军命令如下……
对多数经历过东北沦陷的老百姓来说，日本奴役下的沦陷区如同一座人间地狱，中国人稍有不从即被抓进特务机关，轻则严刑拷打，重则砍头喂狼狗。而指挥东北特务机关的“奉天特务长”就是臭名昭著的日本甲级战犯土肥原贤二。
土肥原贤二，职业间谍头子，毕业于日本陆军大学，1913年以陆军上尉身分来到北京“坂西公馆”（特务机关），自此开始其长达数十年的特务生涯。在西方人撰写的《世界间谍史》里，土肥原被列为二十世纪最重要的国际间谍之一，因为他的间谍活动已经“影响和改变了亚洲的某些历史过程”，有的西方学者则干脆将其喻为“日本的劳伦斯”（劳伦斯为英国著名间谍）。从照片上看，这个凶残的特务头子外表却更像一个踌躇满志的日本商人，他身穿条纹和服，蓄着那个年代流行的日式仁丹胡，五官肥大面孔松弛，神情和蔼笑容可亲。当然这些都是伪善的表面现象，史料记载，仅“九·一八事变”之后短短几年，土肥原指挥东北特务机关就逮捕和杀害中国抗日军民达数万人之多。
土肥原是日本关东军里有名的“中国通”，他不仅能说一口道地的东北土话，熟读中国史书，熟悉中国历史风情，而且长期活跃于动荡不宁的中国北方，出入于北京、天津、沈阳的官邸豪宅，收买汉奸，培植亲日势力，搅乱政局，惟恐天下不乱。当年声名狼藉的女间谍川岛芳子就是土肥原一手培植的亲信。从辛亥革命到抗战爆发前的二十多年岁月里，大特务土肥原无孔不入地插手中国发生的几乎所有重大事件，比如挑动直皖战争，浑水摸鱼坐收渔利；插手直奉战争，扶持奉系军阀张作霖，以突然中止银行兑换来致使北洋政府纸币作废，颠覆北洋政权；但是仅仅四年之后他又亲手策划了炸死张作霖的“皇姑屯事件”。土肥原还参与震惊中外的 “九·一八事变”，扶持成立伪“满洲国”，一手导演末代皇帝溥仪出逃的政治丑剧；阴谋策划华北自治独立，试图把华北诸省从中国版图上分裂出去；挑起种种事端，为侵华战争制造借口等等，真是劣迹昭彰罪恶滔天。
昭和十一年（1936年）抗战前夕，土肥原的特务生涯走到尽头，他忽然奉调回国并且改任军职。西方观察家对此大惑不解，在他们看来，土肥原指挥的满洲特务机关日趋活跃，其特殊作用无可替代，日本军部何以将其调离担任并不擅长的军职呢？多年后内幕曝光，正是土肥原权力太大为所欲为令东京大本营深感恼火，于是奏请天皇将他调任回国。改任军职的特务头子失去用武之地，他先被任命担任东京近卫师团指挥官，后任第十四师团中将师团长。土肥原的意外调职使得他的死对头，国民党军统特务头子戴笠大大地松了一口气，据说蒋介石闻知此事脸上露出难得的笑容，竟一连声说了三个“好”字。
第十四师团在日本中部的宇都宫市编成，亦称“宇都宫”师团，是“七·七事变”后最早登陆华北的主力部队。当时华北守军多是些战斗力不强的杂牌队伍，比如原西北军、东北军等等，特工出身的土肥原指挥第十四师团一路攻城略地势如破竹，把一份份胜利捷报源源不断地发往华北派遣军和东京大本营。按照命令，隶属于第一军的土肥原师团作战范围当止于黄河北岸的豫北，其任务是屏护徐州作战的侧翼安全。所以直到徐州会战临近尾声，这支三万人的大军才慢吞吞地抵达豫、鲁交界的濮阳县城，此时他们距离硝烟弥漫的徐州城尚有数百里地之遥。
濮阳古渡口为豫北往来鲁西的咽喉要道，也是中国军队防守的薄弱区域，黄河对岸为山东重镇菏泽。土肥原举起望远镜观察，他看见枯水季节的黄河袒露出大片干涸的河床，正是渡河作战的大好时机。但是山东地面属于第二军作战范围，第十四师团没有得到第一军司令官香月清司的渡河指令，无权越界作战，于是土肥原遗憾地放下望远镜，下令返回濮阳城休整。
但是一份急电改变队伍的前进方向。
发报人不是军司令官香月清司中将，而是远在徐州的华北派遣军总司令寺内寿一大将。总司令的命令只有短短一行字：渡过黄河，坚决占领菏泽。